Великият везир Али паша връчва на членовете на смесената българо-гръцка комисия султански ферман за учредяване на Българската екзархия. До освобождението на България 1878 г., съгласно чл.10 на фермана, в Екзархията се включени всички области, в които християнското население е пожелало да премине в нейната духовна власт. Така Османската империя официално признава пред света българската нация и определя нейните етнически граници.  Това дава възможност тя да се консолидира етнически, духовно, културно-исторически, териториално, а до известна степен - и политически. Екзархията обхваща следните епархии: Търновска, Доростоло-Червенска (Русенска), Варненско-Преславска (без Варна и 12 селища, разположени между Варна и Кюстенджа), Пловдивска (от Пловдив само махалата "Св. Богородица" и без Станимашката каза и някои села и манастири), Софийска, Видинска, Нишка, Кюстендилска, Самоковска, Велешка, Врачанска, Ловчанска, Сливенска, Охридска, Скопска, Нишавска (Пиротска).  Създаването на Българската екзархия е резултат от дългогодишната борба за извоюване на църковна независимост. По силата на султанския ферман и екзархийския устав, изработен от църковния събор, свикан в Цариград през 1871 г., Българската екзархия е призната за официален представител на българската нация в Османската империя. В устава й са утвърдени две начала: съборност (участие на духовници и вярващи в църковното управление) и изборност. Свиканият на 12 февруари 1872 г. Временен съвет на Екзархията избира за пръв български екзарх ловчанския митрополит Иларион. Този избор обаче не е одобрен от Високата порта и на 16 февруари на негово място е избран видинският митрополит Антим I. Цариградската патриаршия от своя страна се обявява против образуването на Българската Екзархия и на 16 септември 1872 г. я обявява за схизматична. До освобождението на България Екзархията съдейства за обединяването на българските земи и ръководи просветното дело в тях. След обявяването на Руско-турската освободителна война 1877-1878 г. екзарх Антим I е свален от своя пост и заточен в Мала Азия заради патриотична дейност и проявени симпатии към Русия. За нов екзарх е избран ловчанският митрополит Йосиф I.
След Освобождението Българската Екзархия съсредоточава своята дейност главно в онези български земи, които по силата на Берлинския договор 1878 г. остават отново в пределите на Османската империя. Наред с грижите за поддържане на българските черкви тя полага усилия за разгръщане и на просветното дело сред българското население в Македония и Одринско. Противопоставя се и на засилването на сръбската и гръцката пропаганда в тези области. До избухването на Балканската война влиянието на Българската Екзархия в Македония и Одринско се простира в следните епархии: Охридска, Битолска, Скопска, Дебърска, Велешка, Струмишка, Неврокопска, Костурска, Леринска (Мъгленска), Воденска, Солунска, Поленинска (Кукушка), Серска, Мелнишка, Драмска и Одринска. Първите седем от тях се управлявали от български владици, а останалите - от екзархийски наместници. След разгрома на България в Междусъюзническата война 1913 г. екзарх Йосиф I мести седалището си в София. След смъртта му през 1915 г. в продължение на три десетилетия тя е управлявана от Светия синод, начело на който стоял наместник-председател. През 1945 г. за нов екзарх е избран софийският митрополит Стефан I. Свиканият през 1953 г. църковен събор прокламира издигането на Българската екзархия в Българска патриаршия.